Embora tenha estreado bem no Brasileirão 2009 onde terminou em 11º lugar e conseguiu classificação para a Copa Sul-Americana em 2010, a temporada não foi boa para o Barueri. Conforme  Luiz Ademar, do "Blog Futebol Caipira" da Globo.Com, depois do campeonato o time que leva o nome da cidade da Grande São paulo sofreu profundo desmanche. Sete titulares já partiram: o goleiro René (fechando com a Portuguesa), os zagueiros Xandão e André Luís e o atacante Fernandinho (foto), revelação do Brasileirão (acertaram com o São Paulo); o lateral esquerdo Márcio Careca (foi para o Vasco), o meia Thiago Humberto (se mandou para o Internacional) e o volante Ralf (levado pelo Corinthians). O técnico Luís Carlos Goiano não chegou a um acordo com a diretoria e deixou o clube. O time estréia no Paulista 2010 contra o Sertãozinho, no dia 17 de janeiro. Nesse curto espaço de tempo o Barueri terá de remontar o elenco com jogadores de alto nível. E não é só. Conforme o blogueiro, a diretoria trava um guerra política com o atual prefeito de Barueri, que não está disposto a continuar investindo financeiramente no clube. O impasse pode tirar o time de camp... ops, da cidade. "O Barueri já recebeu uma proposta para se mudar para a cidade de Presidente Prudente, onde mandaria os jogos no estádio Eduardo José Farah, e trocaria o nome de Grêmio Barueri Futebol Ltda para Grêmio Prudentino Futebol Ltda. Já a prefeitura de Barueri não está preocupada com a troca de sede do Barueri e acena com a possibilidade de montar outro time, o Esporte Clube Barueri, e iniciar na Federação Paulista de Futebol disputando o Campeonato Paulista da Quarta Divisão em 2010" - revela o blogueiro Ademar.